Feasey等人對1948年至2013年間收集的675個腸炎沙門氏菌菌株進行測序，其中496個樣本來自非洲，主要是撒哈拉以南非洲地區(qū)，還有部分來自北非地區(qū)。

研究人員將這些腸炎沙門氏菌序列以及一個雞沙門氏菌（Salmonella enterica serovar Gallinarum）基因組與腸炎沙門氏菌參考株系的基因組進行比對。通過系統(tǒng)進化分析，研究人員發(fā)現(xiàn)了三個腸炎沙門氏菌分支：一個是包含參考菌株在內(nèi)的分支，一個是主要位于西非的分支，還有一個主要是中非或東非的分支。其余58個菌株具有進化、地理及時間上的差異。

研究人員指出，分支中包含了250個菌株。在進行耐藥性檢測的144個菌株中，104個菌株對所有測試的抗生素都易感，5個菌株具有多重耐藥性，1個菌株對萘啶酸耐藥。西非分支中，除了一個菌株來自美國，其余均來自西非地區(qū)。該分支中的菌株都是高度耐藥的，94%的菌株至少對一類抗生素具有耐藥性。中非/東非分支中菌株主要來自中非、東非地區(qū)，僅2個菌株來自南非，該分支中約82%的菌株具有多重耐藥性。

通過這些腸炎沙門氏菌基因組的測序，F(xiàn)easey等人發(fā)現(xiàn)了包含約4000個基因的核心基因組和包含1.4萬個預(yù)測基因的附屬基因組。

預(yù)測基因中有57個基因是分支中*的，都與前噬菌體phiSE20相關(guān)，phiSE20是菌株入侵雞蛋和小鼠所必需的。西非分支中包含15個*的預(yù)測基因，其中11個與質(zhì)粒相關(guān)。中非/東非分支中含有77個*的預(yù)測基因，其中33個與毒性質(zhì)粒相關(guān)，40個與新的前噬菌體區(qū)域相關(guān)。這兩個非洲分支共有的預(yù)測基因有102個，其中1個基因與新的前噬菌體區(qū)域相關(guān)。

同時，研究人員還重構(gòu)了腸炎沙門氏菌的毒性質(zhì)粒，發(fā)現(xiàn)它的系統(tǒng)發(fā)生出現(xiàn)在主要染色體之后，這表明，每個譜系都能穩(wěn)定地保持質(zhì)粒，而且質(zhì)粒與染色體一起變得多樣化。

研究人員指出，非洲分支具有差異化的宿主適應(yīng)性標(biāo)簽。例如菌株D7795含有42個推定的受損基因，而其中大部分受損基因都與腸道內(nèi)定植和從糞便中脫落相關(guān)，此外還有一些基因與代謝過程例如鈷胺素的生物合成相關(guān)。這說明這個分支經(jīng)歷了還原進化。

文章作者、桑格研究所的NickThomson說，“這項研究說明了一個非常重要的問題，即一種相對溫和的細菌在合適的條件下可以演變成一種更加危險的病原體。”